Terdapat Lima (5) Warna utama yang menjadi literatur Panji yang disusun secara hierarki. Kelima-lima warna berkenaan hakikatnya mewakili ALAM AMAR sebagaimana yang terdapat di dalam Sistem Sains Kesufian (Sufistic Science System) yang di kenali sebagai LATHAIF iaitu wadah kehalusan yang menjadi sumber limpahan Ilahiyah. Kelima-lima posisi ini bertepatan dengan fungsinya di dalam reaktor ALAM AMAR sebagai Perisian Kejuruteraan Kerohanian Manusia (Human Software Spiritual Engineering) yang mentadbir ALAM KHALQ melalui manifestasi empat (4) elemen mekanikal fitrah insani iaitu Physical Quotient (PQ), Intelectual Quotient (IQ), Emotional Quotient (EQ) dan Spiritual Quotient (SQ).- CAHAYA KUNING :
Warna Kuning merupakan PANJI PERTAMA (1) dalam hierarki pengolahan riyadhah Ninja-Combat. Ia pada martabat insan mewakili Lathifah al-Qalb.
- CAHAYA MERAH :
Warna Merah merupakan PANJI KEDUA (2) dalam hierarki pengolahan riyadhah Ninja-Combat. Ia pada martabat insan mewakili Lathifah ar-Ruh.
- CAHAYA PUTIH :
Warna Putih merupakan PANJI KETIGA (3) dalam hierarki pengolahan riyadhah Ninja-Combat. Ia pada martabat insan mewakili Lathifah as-Sirri.
- CAHAYA HITAM :
Warna Hitam merupakan PANJI KEEMPAT (4) dalam hierarki pengolahan riyadhah Ninja-Combat. Ia pada martabat insan mewakili Lathifah al-Khafi.
- CAHAYA HIJAU
Warna Hijau mewakili PANJI KELIMA (5) dalam hierarki pengolahan riyadhah Ninja-Combat. Dengan ciri yang tersembunyi, ia menjadi tunjang terhadap pembentukan riyadhah yang dijalankan di dalam Ninja-Combat melalui manifestasi yang mewakili Lathifah al-Akhfa.
